El IBAER tomará una posición regional, aplicada y de solución de problemas que utiliza las mejores prácticas de todos los participantes, y se forma por organizaciones existentes en ambos estados. El Instituto también creará una sociedad pública-privada, enlistando socios industriales para crear una ventaja competitiva para la región. Las principales líneas de generación y aplicación del conocimiento son las siguientes:

• Realizar estudios regionales de hidrología superficial.
• Balances de agua y disponibilidad en cuencas hidrológicas.
• Estudio y evaluación de la precipitación, evapotranspiración, escurrimiento e infiltración.
• Modelo de simulación y optimización del comportamiento de presas para la generación de políticas de operación de las mismas con propósitos múltiples.
• Aforos, determinación de flujos y/o caudales.
• Realizar estudios geohidrológicos.
• Balance de agua en acuíferos.
• Determinación de la disponibilidad de agua subterránea y cambios de almacenamiento.
• Intrusión salina y su control.
• Modelo de simulación del comportamiento de acuíferos para pronóstico ante diversos escenarios.
• Evaluación de parámetros hidráulicos.
• Realizar estudios geofísicos exploratorios aplicados a la hidrología.
• Exploración de aguas subterráneas.
• Identificación de propiedades hidráulicas en materiales litoestatificados.
• Identificación de zonas saturadas.
• Localización de interfase salina.
• Localización de lixiviados contaminantes.
• Localización de conductos de agua enterrados.
• Realizar estudios de ingeniería hidráulica.
• Análisis del comportamiento de presas, canales, ríos, arroyos, drenes, redes de alcantarillado, etc., ante diferentes condiciones y eventos extraordinarios de lluvias y escurrimientos.
• Determinación de demanda de agua.
• Diseño de redes de agua potable y alcantarillado.
• Diseño de obras hidráulicas como canales, acueductos, bordos, etc.
• Desarrollar estudios integrales hidroecológicos-ecohidrológicos:
• Medición y monitoreo de contaminantes en agua superficial y subterránea.
• Identificación de las fuentes potenciales de degradación.
• Diseños de sistemas de prevención y remediación.
• Evaluar y caracterizar aguas residuales urbanas, agrícolas, industriales y pecuarias.
• Desarrollo procesos y tecnología para tratamiento y reutilización de aguas residuales.
• Buscar fuentes alternas de abastecimiento para incrementar la disponibilidad de agua en cuencas con stress hídrico.
• Desarrollar tecnologías y procesos de desalinización de aguas marinas y subterráneas salobres para la producción de agua potable y embotellada.
• Desarrollar sistemas de extracción de agua de la humedad del aire.
• Desarrollar sistemas de irrigación mediante el reciclaje y reuso de aguas residuales tratadas.
• Desarrollar tecnologías para el uso el eficiente del agua.
• Formular y revisar políticas para la gestión y el manejo sustentable del agua.
• Desarrollar programas de Cultura del Agua para los sectores públicos y privados de todos los niveles.
• Elaborar propuestas de normatividad aplicable al uso, manejo y conservación del agua.