De las investigaciones contratadas por los clientes, se esperan generar reportes técnicos que permitan la correcta toma de decisiones y la construcción de obras que son necesarias para detonar la economía del cliente y al mismo tiempo, el de la región. A su vez, cuando el cliente lo permita, y asegurando la confidencialidad de la información, algunos de estas investigaciones serán la base para el desarrollo de trabajos académicos y de titulación de estudiantes de licenciatura y posgrado de las instituciones de educación superior participantes, contribuyendo así a su fortalecimiento académico e institucional.

Entre los productos que se esperan generar en el IBAER se encuentran los siguientes:

• Barreras de pozos de inyección como medidas de control de la intrusión salina.
• Estudios exploratorios geofísicos para localizar pozos ganaderos.
• Estudios exploratorios geofísicos para localizar pozos industriales.
• Diseño y operación de plantas desalinizadoras ubicadas en la zona costera del mar de Cortés para la industria pesquera y zonas agrícolas de producción de hortalizas bajo invernadero y agricultura protegida.
• Diseño de procesos de desalinización de aguas subterráneas salobres mediante electrodiálisis y ósmosis inversas con propósitos de uso y consumo humano.
• Monitoreo de la calidad del agua subterránea en cuencas.
• Estudios geofísicos exploratorios para localizar pozos para el abastecimiento de agua potable.
• Modelación del agua subterránea en acuíferos costeros.
• Metales pesados en flora, fauna y sedimentos de ríos.
• Evaluaciones de impacto ambiental de las actividades mineras.
• Los recursos hídricos del estado de Sonora: Un análisis de su calidad y contaminación en un contexto de planeación estratégica.
• El manejo de los recursos hidráulicos y su efecto en la vegetación riparia de ríos.
• Determinación de la eficiencia en plantas piloto de tratamiento de agua potable por la técnica de electrodiálisis, para utilizarse en el diseño de plantas a una escala real.
• Determinación del gasto máximo de diseño por subcuencas con información escasa en arroyos.
• Detección de lixiviados en vertederos de residuos sólidos urbanos.
• Eutrofización de las aguas costeras por efectos del cambio en la funcionalidad de los humedales generados por los desarrollos acuícolas.
• Modelos hidrogeológico y geoquímico conceptuales.
• Hidrogeomorfología y ecología de los humedales costeros de Sonora.
• Cuencas experimentales en regiones semiáridas.
• Desarrollo de sistemas de desalinización de aguas salobres y/o marinas para el abastecimiento de agua potable.
• Actualización de los datos de redes de medición piezométrica  de acuíferos.
• Elaboración de Plan director para la modernización integral de los Distritos de Riego.
• Ahorro y uso optimo de la energía.
• Obtención de créditos por reducción de emisión.
• Obtención de créditos por el uso de energía renovable.
• Reducción de carbono y gases de invernadero.
• Reducción de nutrientes del agua y enfermedades hídricas.