Objetivo general
Realizar investigación científica y tecnológica orientada a la búsqueda permanente y sistemática de soluciones integrales a los problemas del agua y la energía que se presentan en el estado, que permita el manejo, explotación y aprovechamiento sustentable de los recursos hidráulicos y energéticos, con la unión de universidades y centros de investigación e interesados de los sectores público y privado, para lograr una sustentabilidad del agua y la energía en la región Sonora-Arizona.
Objetivo específico
El IBAER tomará una posición regional, aplicada y de solución de problemas que utiliza las mejores prácticas de todos los participantes, y se forma por organizaciones existentes en ambos estados. El Instituto también creará una sociedad pública-privada, enlistando socios industriales para crear una ventaja competitiva para la región. Las principales líneas de generación y aplicación del conocimiento son las siguientes: